Где находилось Яматай — царство царицы Химико? Два главных ответа: Ёсиногари в префектуре Сага на севере Кюсю и Макимуку рядом с курганом Хасихака в городе Сакураи, Нара.
Маршрут идёт за рассказом «Вэй чжи» о Химико: от острова Ики и золотой печати с острова Сиканосима к двум спорным местам и заканчивается у погребального кургана, который часто связывают с её могилой. Где находилось Яматай, до сих пор не ясно.
В 1581 году африканский раб Диогу приезжает в Киото с иезуитской делегацией и достаётся полководцу Оде Нобунаге, который даёт ему имя Ясукэ и делает его самураем. В тот же год армия Нобунаги громит провинцию ниндзя Ига, где юная синоби Наоэ теряет отца и получает в наследство его Скрытый клинок.
Дальше они вдвоём идут по следу одного заговора через Кансай: порт Сакаи, храм Хонно-дзи, где умирает Нобунага, кофун в Сэтцу, замок Сёрюдзи в Ямадзаки, святилища Ямато и вербовочную базу тамплиеров в Кии. Большинство остановок — настоящие замки, храмы и гробницы, которые воссоздаёт игра.
