¿Dónde estaba Yamatai, el reino de la reina Himiko? Las dos respuestas principales son Yoshinogari, en Saga, al norte de Kyushu, y Makimuku, junto al túmulo Hashihaka Kofun, en Sakurai, Nara.
La ruta sigue el relato del Wei Zhi sobre Himiko desde la isla de Iki y el sello de oro de Shikanoshima hasta los dos yacimientos rivales, y termina en el túmulo funerario que a menudo se vincula con su tumba. La ubicación de Yamatai sigue sin resolverse.
En 1581, el esclavo africano Diogo llega a Kioto con una delegación jesuita y es entregado al señor de la guerra Oda Nobunaga, que le cambia el nombre por Yasuke y lo convierte en samurái. Ese mismo año, el ejército de Nobunaga aplasta la provincia ninja de Iga, donde la joven shinobi Naoe pierde a su padre y hereda su Hoja Oculta.
Desde ahí, los dos persiguen la misma conspiración por Kansai: el puerto de Sakai, el templo de Honnō-ji donde muere Nobunaga, un kofun en Settsu, el castillo de Shōryūji en Yamazaki, los santuarios de Yamato y el terreno donde reclutan los templarios en Kii. La mayoría de las paradas son castillos, templos y tumbas reales que el juego reconstruye.
