В 1191 году ассасин Альтаир проваливает задание, теряет звание и возвращает его, цель за целью: девять человек в трёх городах, и все они тайно работают на тамплиеров. Игра 2007 года отправляет вас скакать по Святой земле на их поиски и заканчивается сюжетным поворотом, который ждёт дома.
Маршрут следует за сюжетом от Храма в Иерусалиме до крепости ассасинов Масиафа, через Дамаск, Акру и Иерусалим — к поединку в лагере короля Ричарда. Города игры воссозданы для геймплея, поэтому каждая метка обозначает настоящее место, к которому привязана сцена.
1937 год, между «В поисках утраченного ковчега» и «Последним крестовым походом». Великан врывается в колледж Маршалла, крадёт мумифицированную кошку и вырубает Индиану Джонса. След приводит Инди к «Большому кругу» — священным местам, равномерно разбросанным по земному шару, и к гонке с нацистским археологом Эммерихом Воссом за право овладеть его силой. Сюжет игры MachineGames 2024 года придумал Тодд Говард, а её режиссёр представлял себе «забытое приключение Индианы Джонса из 1980-х».
Круг и его тайна — чистой воды приключенческий вымысел, а вот остановки на нём настоящие: Ватикан, Гиза, Шанхай военных лет, руины таиландской столицы Сукхотай и зиккурат Ура. Разработчики воссоздали их по книгам и фотографиям такими, какими они могли быть в 1930-е годы. Маршрут идёт за основным сюжетом.