Кукай (Кобо-дайси) родился на Сикоку, учился в Сиане и основал буддизм Сингон в храмах Дзинго-дзи, То-дзи и на горе Коя, где похоронен в Окуно-ин.
Маршрут проходит по следам монаха от места его рождения в Дзэнцу-дзи до храма Цинлун в танском Китае, а затем обратно — к храмам близ Киото и горному убежищу, о котором он попросил в 816 году. Заканчивается он у его мавзолея, где монахи до сих пор приносят ему еду.
В 1581 году африканский раб Диогу приезжает в Киото с иезуитской делегацией и достаётся полководцу Оде Нобунаге, который даёт ему имя Ясукэ и делает его самураем. В тот же год армия Нобунаги громит провинцию ниндзя Ига, где юная синоби Наоэ теряет отца и получает в наследство его Скрытый клинок.
Дальше они вдвоём идут по следу одного заговора через Кансай: порт Сакаи, храм Хонно-дзи, где умирает Нобунага, кофун в Сэтцу, замок Сёрюдзи в Ямадзаки, святилища Ямато и вербовочную базу тамплиеров в Кии. Большинство остановок — настоящие замки, храмы и гробницы, которые воссоздаёт игра.
