Los templos del príncipe Shōtoku en Japón van de Tachibana-dera y Asuka-dera, en Asuka, a Hōryū-ji y Chūgū-ji, en Ikaruga, además de Shitennō-ji, en Osaka.
La ruta sigue al regente que promovió el budismo, desde el lugar donde se dice que nació hasta el solar de su palacio en Ikaruga y el bordado hecho tras su muerte en 622. Varias fechas se basan en la tradición de los templos y no en registros firmes, y el lugar de nacimiento figura como tradicional.
En 1581, el esclavo africano Diogo llega a Kioto con una delegación jesuita y es entregado al señor de la guerra Oda Nobunaga, que le cambia el nombre por Yasuke y lo convierte en samurái. Ese mismo año, el ejército de Nobunaga aplasta la provincia ninja de Iga, donde la joven shinobi Naoe pierde a su padre y hereda su Hoja Oculta.
Desde ahí, los dos persiguen la misma conspiración por Kansai: el puerto de Sakai, el templo de Honnō-ji donde muere Nobunaga, un kofun en Settsu, el castillo de Shōryūji en Yamazaki, los santuarios de Yamato y el terreno donde reclutan los templarios en Kii. La mayoría de las paradas son castillos, templos y tumbas reales que el juego reconstruye.
