Root Letter is set in Matsue, Shimane, and its backdrops copy real places: the Shimane Art Museum, the Kyomise shopping street, Lake Shinji, Yaegaki Shrine and Matsue Castle.
A man travels to Matsue to find Fumino Aya, a pen pal who vanished 15 years earlier, and questions her old classmates one by one. The route follows five real places that the game turns into scenes, from the lakeside city to a shrine tied to the Yamata-no-Orochi legend. The game's order of visits is not documented, so the stops are a sequence, not a timetable.
El «Kojiki», el libro más antiguo que se conserva en Japón, sitúa sus mitos en lugares reales: Izumo, que cedió la tierra; la cueva de Takachiho donde se escondió Amaterasu; Kirishima, uno de los lugares candidatos al descenso de su nieto, e Ise, donde se dice que se guarda su espejo.
Esta ruta sigue esa historia a lo largo de siete lugares, de Izumo a Takachiho, Kirishima e Ise. El mito es lo que cuenta el texto; las fundaciones de santuarios y las excavaciones son historia documentada, y cada parada mantiene separadas ambas cosas. Varios lugares son identificaciones tradicionales que otros sitios rivales también reclaman.
