La guerra de Shakushain (1669) fue el levantamiento de los ainu contra el clan Matsumae de Japón, librado entre Shinhidaka, el castillo de Matsumae y Kunnui, en Hokkaido.
La ruta sigue la revuelta desde la disputa en el río Shibechari hasta la mediación en Matsumae, los combates de Kunnui y la muerte del caudillo en Piypok. Termina con la estatua de Shakushain en Shinhidaka. Varios lugares son aproximados y así se indica.
Ghost of Yōtei sigue a Atsu, una mercenaria errante que regresa en 1603 a Ezo, la actual Hokkaido, para dar caza a los Seis de Yōtei, la banda capitaneada por el señor samurái Nariaki Saito que masacró a su familia dieciséis años antes. Su venganza la lleva por una isla inspirada en Hokkaido, desde las praderas a los pies del monte Yōtei hasta el norte helado y el castillo del clan Matsumae en el sur.
Esta ruta recorre las regiones del juego y sus equivalentes reales: las praderas de Yotei en torno al lago Shikotsu, la llanura de Ishikari, el país ainu de las tierras salvajes de Nayoro, la cresta de Teshio de la Kitsune y la cordillera de Tokachi, con el monte Yōtei y el castillo de Matsumae como puntos fijos.