Действие Root Letter происходит в Мацуэ, в префектуре Симане, а его фоны повторяют реальные места: Художественный музей Симане, торговую улицу Кёмисэ, озеро Синдзи, святилище Яэгаки и замок Мацуэ.
Фумино Айя — подруга по переписке, исчезнувшая 15 лет назад; мужчина приезжает в Мацуэ, чтобы найти её, и по очереди расспрашивает её бывших одноклассников. Маршрут ведёт по пяти реальным местам, которые игра превращает в сцены, — от города на берегу озера до святилища, связанного с легендой о Ямата-но Ороти. Порядок посещений в игре нигде не описан, так что остановки — это последовательность, а не расписание.
В мае 1804 года Уильям Кларк и ещё около 30 человек покинули зимний лагерь на Миссисипи и повернули вверх по Миссури — первый этап экспедиции, посланной пересечь недавно приобретённую западную часть страны. Капитаны Мериуэзер Льюис и Кларк вели дневники, и многие их записи цитируются здесь в переводе.
Маршрут идёт за ними от лагеря Дюбуа мимо могилы сержанта, через напряжённое противостояние с тетонами-сиу, зимовку в форте Мандан, Большие водопады, Континентальный водораздел и заснеженную тропу Лоло к Тихому океану, а затем домой — через подпись Кларка на Столпе Помпея. Там, где лагерь потерян из-за реки или времени, метка обозначает ближайшее место, которое можно посетить.
