Больше тысячи лет императоры, самураи и простые люди ходили по горным тропам к трём святилищам древней синкретической религии Кумано. Один только император Го-Сиракава совершил это путешествие 34 раза, а в эпоху Муромати поток путников называли «муравьиным паломничеством».
Маршрут идёт по Накахэти — от Такидзири-одзи через Тикацую и Хонгу, затем по реке в Сингу, а оттуда к каменным ступеням и водопаду Нати. Некоторые остановки отмечены на карте по району, а не по точно определённому месту.
В 1581 году африканский раб Диогу приезжает в Киото с иезуитской делегацией и достаётся полководцу Оде Нобунаге, который даёт ему имя Ясукэ и делает его самураем. В тот же год армия Нобунаги громит провинцию ниндзя Ига, где юная синоби Наоэ теряет отца и получает в наследство его Скрытый клинок.
Дальше они вдвоём идут по следу одного заговора через Кансай: порт Сакаи, храм Хонно-дзи, где умирает Нобунага, кофун в Сэтцу, замок Сёрюдзи в Ямадзаки, святилища Ямато и вербовочную базу тамплиеров в Кии. Большинство остановок — настоящие замки, храмы и гробницы, которые воссоздаёт игра.