Durante más de mil años, emperadores, samuráis y gente corriente han recorrido senderos de montaña hasta tres santuarios de la antigua religión sincrética de Kumano. El emperador Go-Shirakawa hizo el viaje él solo 34 veces, y en el periodo Muromachi la corriente de caminantes se llamaba la «peregrinación de hormigas».
Esta ruta sigue el Nakahechi desde Takijiri-oji, pasando por Chikatsuyu y Hongū, por el río hasta Shingū, y luego hasta los escalones de piedra y la cascada de Nachi. Algunas paradas están marcadas en la zona y no en un punto medido.
En 1581, el esclavo africano Diogo llega a Kioto con una delegación jesuita y es entregado al señor de la guerra Oda Nobunaga, que le cambia el nombre por Yasuke y lo convierte en samurái. Ese mismo año, el ejército de Nobunaga aplasta la provincia ninja de Iga, donde la joven shinobi Naoe pierde a su padre y hereda su Hoja Oculta.
Desde ahí, los dos persiguen la misma conspiración por Kansai: el puerto de Sakai, el templo de Honnō-ji donde muere Nobunaga, un kofun en Settsu, el castillo de Shōryūji en Yamazaki, los santuarios de Yamato y el terreno donde reclutan los templarios en Kii. La mayoría de las paradas son castillos, templos y tumbas reales que el juego reconstruye.
