Ezio Auditore da Firenze llega a Constantinopla en 1511, un viejo asesino tras cinco llaves que abren una biblioteca sellada bajo Masyaf por Altaïr dos siglos y medio antes. Las llaves están repartidas por una capital otomana atrapada entre las pretensiones sucesorias de los príncipes Ahmet y Selim, con los templarios bizantinos conspirando contra la ciudad; la búsqueda va desde la Torre de Gálata y Santa Sofía hasta el palacio de Topkapı, hasta la Torre de la Doncella en el Bósforo y, al final, hasta una fortaleza de los templarios bizantinos bajo Capadocia.
Este recorrido empieza en Masyaf, en Siria, y sigue a Ezio por la Estambul real del juego, la torre, la iglesia, el palacio y el islote que aún pueden visitarse, antes de terminar bajo tierra, en Capadocia.
Diciembre de 1499: el ejército de César Borgia ha atacado la villa Auditore en Monteriggioni, ha matado a Mario y se ha hecho con la Manzana del Edén. Assassin's Creed Brotherhood envía a Ezio a Roma, el centro del poder templario, para llevar la lucha a los templarios capitaneados por los Borgia, y la búsqueda de la Manzana va desde la basílica de San Pedro hasta un templo escondido bajo el Coliseo.
Este recorrido sigue a Ezio desde la villa de Monteriggioni por la Roma de los Borgia —el castillo de Sant'Angelo, el Panteón, San Pedro y el Coliseo— hasta Viana, en Navarra (España), donde su lucha con César termina sobre las almenas. Todas las paradas son lugares reales que se pueden visitar.
Florencia, 1476: el joven Ezio Auditore ve cómo ahorcan a su padre y a sus hermanos con acusaciones falsas, y pasa el cuarto de siglo siguiente persiguiendo a los responsables por la Toscana, la Romaña y Venecia, hasta el Vaticano. El juego de Ubisoft de 2009 reconstruyó la Italia del Renacimiento para trepar y correr por los tejados, y mezcló su rivalidad inventada entre Asesinos y templarios con personajes reales: los Médici y los Pazzi, Leonardo da Vinci, Caterina Sforza y el papa Borgia.
El recorrido visita los edificios y los pueblos reales del juego. La familia Auditore y su villa son ficticias; la mayoría de los hechos que los rodean están inventados o reordenados a partir de la historia.
