En 1581, el esclavo africano Diogo llega a Kioto con una delegación jesuita y es entregado al señor de la guerra Oda Nobunaga, que le cambia el nombre por Yasuke y lo convierte en samurái. Ese mismo año, el ejército de Nobunaga aplasta la provincia ninja de Iga, donde la joven shinobi Naoe pierde a su padre y hereda su Hoja Oculta.
Desde ahí, los dos persiguen la misma conspiración por Kansai: el puerto de Sakai, el templo de Honnō-ji donde muere Nobunaga, un kofun en Settsu, el castillo de Shōryūji en Yamazaki, los santuarios de Yamato y el terreno donde reclutan los templarios en Kii. La mayoría de las paradas son castillos, templos y tumbas reales que el juego reconstruye.
Haruhi Suzumiya sigue a un narrador aburrido, Kyon, y a una excéntrica compañera de clase que funda un club para buscar alienígenas, viajeros en el tiempo y espers. La historia nunca nombra su ciudad de forma expresa, pero está ambientada en Nishinomiya, en Hyogo, donde vivió el autor Nagaru Tanigawa desde los tres años.
La ruta visita los lugares reales que sirvieron de modelo: el instituto, dos estaciones, un parque junto al río, una montaña y el estadio Koshien. Los nombres de lugar de la historia están alterados, así que la mayoría de los marcadores señalan un modelo, no un decorado.