En Ishin!, Sakamoto Ryōma huye de Tosa como sospechoso de asesinato, se esconde en Kioto bajo el nombre de Saitō Hajime y se une al Shinsengumi para encontrar al asesino enmascarado de su padre adoptivo. El juego es ficción construida sobre historia real: su Ryōma, su trama y sus giros pertenecen al juego, mientras que el ataque a la Teradaya y el asesinato en la Ōmiya ocurrieron de verdad.
La ruta sigue la historia desde el castillo de Kōchi, pasando por Mibu, Gion y Fushimi, escenarios del Shinsengumi, hasta la posada Ōmiya, y cada parada explica qué es del juego y qué consta en el registro histórico.
El juego de samuráis de mundo abierto de Team Ninja arroja a un Gemelo de la Hoja sin amo a los últimos años del shogunato. Entre 1858 y 1868, la historia va desde el barrio extranjero de Yokohama, pasando por el asesinato de un Gran Consejero, hasta el Shinsengumi de Kioto y un plan para incendiar Edo.
La ruta sigue la historia principal del juego a lo largo de siete lugares, desde el puerto hasta la capital, y empareja cada escena con el lugar real que la historia le asocia. Cuando el juego nombra solo un distrito, el punto marca el hito conocido más cercano.
