Ghost of Yōtei sigue a Atsu, una mercenaria errante que regresa en 1603 a Ezo, la actual Hokkaido, para dar caza a los Seis de Yōtei, la banda capitaneada por el señor samurái Nariaki Saito que masacró a su familia dieciséis años antes. Su venganza la lleva por una isla inspirada en Hokkaido, desde las praderas a los pies del monte Yōtei hasta el norte helado y el castillo del clan Matsumae en el sur.
Esta ruta recorre las regiones del juego y sus equivalentes reales: las praderas de Yotei en torno al lago Shikotsu, la llanura de Ishikari, el país ainu de las tierras salvajes de Nayoro, la cresta de Teshio de la Kitsune y la cordillera de Tokachi, con el monte Yōtei y el castillo de Matsumae como puntos fijos.
En noviembre de 1274, una flota mongola y coreana desembarcó en Tsushima, una isla japonesa montañosa a medio camino de Corea, y arrolló a sus escasos defensores. El juego de Sucker Punch de 2020 sitúa en esa invasión a un samurái ficticio, Jin Sakai: sobrevive a la matanza en la playa y se convierte en «el Fantasma», un guerrillero que rompe el código samurái para expulsar a los invasores.
Los diseñadores visitaron Tsushima dos veces, pero no la copiaron fielmente. Esta ruta recorre los lugares reales que hay detrás de la batalla inicial del juego, su castillo y sus santuarios, la mayoría incluidos en la propia guía de la isla para jugadores. Jin, su clan y sus batallas son ficción; el desembarco, la fortaleza y las montañas no.
