В Ishin! Сакамото Рёма бежит из родной провинции Тоса как подозреваемый в убийстве, скрывается в Киото под именем Сайто Хадзимэ и вступает в Синсэнгуми, чтобы найти человека в маске, убившего его приёмного отца. Игра — вымысел, построенный на реальной истории: её Рёма, сюжет и повороты принадлежат игре, а нападение на Тэрадаю и убийство в Омии произошли на самом деле.
Маршрут идёт по сюжету: замок Коти, затем Мибу, Гион и Фусими Синсэнгуми и, наконец, постоялый двор Омия. Каждая остановка говорит, что здесь от игры, а что из документов.
Самурайская игра с открытым миром от Team Ninja забрасывает безгосподного Клинка-близнеца в последние годы сёгуната. С 1858 по 1868 год сюжет проходит путь от иностранного квартала Иокогамы через убийство главного министра до киотских Синсэнгуми и заговора с целью сжечь Эдо.
Этот маршрут следует за основным сюжетом игры через семь мест, от порта до столицы, и сопоставляет каждую сцену с настоящим местом, с которым её связывает история. Если игра называет лишь район, метка отмечает ближайшую известную достопримечательность.
В январе 1868 года молодого японского императора объявили правителем не только по имени, но и на деле, положив конец более чем 250-летнему сёгунату Токугава. Сторонники последнего сёгуна не сдались тихо. Восемнадцать месяцев гражданская война катилась на север — от окраины Киото к Эдо, в горы Айдзу и наконец к звездообразной крепости на Хоккайдо, где недолговечная отколовшаяся республика приняла последний бой.
Маршрут следует за этой войной по шести местам, и все они доступны для посещения: поле боя у Тоба, замок Эдо, холм Уэно, замок Айдзу и холм, где погибли его солдаты-подростки, и Горёкаку. Даты даны по западному календарю — они пересчитаны с японских лунных дат того времени.
