En Ishin!, Sakamoto Ryōma huye de Tosa como sospechoso de asesinato, se esconde en Kioto bajo el nombre de Saitō Hajime y se une al Shinsengumi para encontrar al asesino enmascarado de su padre adoptivo. El juego es ficción construida sobre historia real: su Ryōma, su trama y sus giros pertenecen al juego, mientras que el ataque a la Teradaya y el asesinato en la Ōmiya ocurrieron de verdad.
La ruta sigue la historia desde el castillo de Kōchi, pasando por Mibu, Gion y Fushimi, escenarios del Shinsengumi, hasta la posada Ōmiya, y cada parada explica qué es del juego y qué consta en el registro histórico.
El juego de samuráis de mundo abierto de Team Ninja arroja a un Gemelo de la Hoja sin amo a los últimos años del shogunato. Entre 1858 y 1868, la historia va desde el barrio extranjero de Yokohama, pasando por el asesinato de un Gran Consejero, hasta el Shinsengumi de Kioto y un plan para incendiar Edo.
La ruta sigue la historia principal del juego a lo largo de siete lugares, desde el puerto hasta la capital, y empareja cada escena con el lugar real que la historia le asocia. Cuando el juego nombra solo un distrito, el punto marca el hito conocido más cercano.
En enero de 1868 se proclamó al joven emperador de Japón gobernante de hecho además de nombre, con lo que terminaron más de 250 años de shogunato Tokugawa. Los partidarios del último shogun no se rindieron sin más. Durante dieciocho meses una guerra civil avanzó hacia el norte desde las afueras de Kioto hasta Edo, hasta las montañas de Aizu y, por último, hasta una fortaleza en forma de estrella en Hokkaido, donde una efímera república separatista hizo su última resistencia.
La ruta sigue esa guerra en seis lugares, todos ellos visitables: el campo de batalla de Toba, el castillo de Edo, la colina de Ueno, el castillo de Aizu y la colina donde murieron sus soldados adolescentes, y Goryōkaku. Las fechas se dan en el calendario occidental, convertidas de las fechas lunares japonesas que se usaban entonces.
