Nioh envía a William Adams, un forastero rubio que se convierte en aliado de Ieyasu, a una versión de fantasía oscura de 1600: demonios en el barro de las guerras civiles de Japón, el alquimista Edward Kelley tras ellos y Tokugawa Ieyasu elevándose por encima de todo. Su historia se cose a lugares reales, desde una prisión de Londres hasta el campo de batalla que hizo posibles los shogunes Tokugawa.
La ruta sigue la campaña principal y sus dos últimas expansiones: la Torre de Londres, Kioto, Sekigahara y, después, el Sanada-maru, Tennōji y el castillo de Osaka. El juego es de fantasía, así que el mapa muestra dónde ocurrió su historia, no dónde se rodó ni en qué se inspiró.
El juego de samuráis de mundo abierto de Team Ninja arroja a un Gemelo de la Hoja sin amo a los últimos años del shogunato. Entre 1858 y 1868, la historia va desde el barrio extranjero de Yokohama, pasando por el asesinato de un Gran Consejero, hasta el Shinsengumi de Kioto y un plan para incendiar Edo.
La ruta sigue la historia principal del juego a lo largo de siete lugares, desde el puerto hasta la capital, y empareja cada escena con el lugar real que la historia le asocia. Cuando el juego nombra solo un distrito, el punto marca el hito conocido más cercano.
En 1581, el esclavo africano Diogo llega a Kioto con una delegación jesuita y es entregado al señor de la guerra Oda Nobunaga, que le cambia el nombre por Yasuke y lo convierte en samurái. Ese mismo año, el ejército de Nobunaga aplasta la provincia ninja de Iga, donde la joven shinobi Naoe pierde a su padre y hereda su Hoja Oculta.
Desde ahí, los dos persiguen la misma conspiración por Kansai: el puerto de Sakai, el templo de Honnō-ji donde muere Nobunaga, un kofun en Settsu, el castillo de Shōryūji en Yamazaki, los santuarios de Yamato y el terreno donde reclutan los templarios en Kii. La mayoría de las paradas son castillos, templos y tumbas reales que el juego reconstruye.
